กฎบัตรอาเซียนที่มีผลบังคับใช้มาตั้งแต่วันที่ 15 ธันวาคม พ.ศ. 2551 ได้ระบุโครงสร้างและกลไก การบริหารงานของอาเซียน ดังนี้

1. ที่ประชุมสุดยอดอาเซียน (ASEAN Summit) เป็นองค์กรสูงสุดในการกำหนดนโยบาย และมีการประชุมปีละ 2 ครั้ง มีหน้าที่ 1) ให้แนวนโยบายและตัดสินใจเรื่องสำคัญๆ 2) สั่งการให้มีการประชุมระดับรัฐมนตรีเป็นการเฉพาะกิจเพื่อพิจารณาเรื่องที่เกี่ยวข้องกับเสาหลักต่างๆ มากกว่า 1 เสา 3) ดำเนินการแก้ไขสถานการณ์ฉุกเฉินที่กระทบต่ออาเซียน 4) ตัดสินข้อพิพาทระหว่างรัฐสมาชิก กรณีที่ไม่อาจหาข้อยุติในข้อขัดแย้งได้ หรือมีการไม่ปฏิบัติตามคำตัดสินของกลไกระงับข้อพิพาท 5) ตั้งหรือยุบองค์กรอาเซียน 6) แต่งตั้งเลขาธิการอาเซียน
2. คณะมนตรีประสานงานอาเซียน (ASEAN Coordinating Council) ประกอบด้วยรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศของประเทศสมาชิกอาเซียน ทำหน้าที่เตรียมการประชุมสุดยอดอาเซียน ประสานงานระหว่าง 3 เสาหลัก เพื่อความเป็นบูรณาการในการดำเนินงานของอาเซียน และแต่งตั้งรองเลขาธิการอาเซียน
3. คณะมนตรีประชาคมอาเซียน (ASEAN Community Council) สำหรับ 3 เสาหลักของประชาคมอาเซียน ประกอบด้วย ผู้แทนที่แต่ละประเทศสมาชิกแต่งตั้งเพื่อทำหน้าประสานงานและติดตามการดำเนินงานตามแนวนโยบายของผู้นำทั้งในเรื่องที่อยู่ภายใต้เสาหลักของตน และเรื่องที่เป็นประเด็นที่เกี่ยวข้องกับ หลายเสาหลัก และเสนอรายงานและข้อเสนอแนะในเรื่องที่อยู่ภายใต้การดูแลของตนต่อผู้นำ
4. องค์กรระดับรัฐมนตรีอาเซียนเฉพาะสาขา (ASEAN Sectoral Ministerial Bodies) จัดตั้งโดยที่ประชุมสุดยอดอาเซียนมีหน้าหลัก คือ 1) ดำเนินการตามอาณัติที่มีอยู่แล้ว 2) นำความตกลงและมติของผู้นำไปปฏิบัติ 3) เสริมสร้างความร่วมมือเพื่อสนับสนุนการสร้างประชาคมอาเซียน 4) เสนอรายงานและข้อเสนอแนะ ต่อคณะมนตรีประชาคมอาเซียนที่เหมาะสม และ 5) สามารถมีเจ้าหน้าที่อาวุโส หรือองค์กรย่อยเพื่อสนับสนุน การทำงานได้
5. สำนักเลขาธิการอาเซียน (ASEAN Secretariat) อยู่ภายใต้บังคับบัญชาของเลขาธิการอาเซียน (Secretary General of ASEAN) ซึ่งมีบทบาทมากขึ้นโดยนอกจากจะเป็นหัวหน้าเจ้าหน้าที่ฝ่ายบริหาร ของอาเซียนแล้ว เลขาธิการอาเซียนจะมีบทบาทในการติดตามการปฏิบัติตามคำตัดสินของกลไกระงับข้อพิพาทและรายงานตรงต่อผู้นำ และสนับสนุนการมีปฏิสัมพันธ์ระหว่างองค์กรของอาเซียนกับภาคประชาสังคม ทั้งนี้ ให้มีรองเลขาธิการอาเซียน (Deputy Secretary General) 4 คน โดย 2 จะมาจากการหมุนเวียนตามลำดับตัวอักษรประเทศ มีวาระการดำรงตำแหน่ง 3 ปี และอีก 2 คนมาจากการคัดเลือกตามความสามารถ มีวาระ การดำรงตำแหน่ง 3 ปี และอาจได้รับการต่ออายุได้อีก 1 วาระ
6. คณะผู้แทนถาวรประจำอาเซียน (Committee of Permanent Representatives (CPR) to ASEAN)ที่กรุงจาการ์ตาโดยประเทศสมาชิกจะแต่งตั้งผู้แทนระดับเอกอัครราชทูตเพื่อทำหน้าที่เป็นคณะผู้แทนถาวรประจำอาเซียน ที่กรุงจาการ์ตา ซึ่งเป็นคนละคนกับเอกอัครราชทูตประจำกรุงจาการ์ตา ทำหน้าที่แทนคณะกรรมาธิการอาเซียน โดยคณะผู้แทนถาวรประจำอาเซียนจะมีบทบาทสำคัญ 2 ด้าน ได้แก่ การเป็นผู้แทนของประเทศสมาชิกและการเป็นผู้แทนของอาเซียน ซึ่งจะเป็นการสนับสนุนคณะมนตรีประชาคมอาเซียน และองค์ความร่วมมือเฉพาะด้านต่าง ๆ การประสานงานกับสำนักเลขาธิการอาเซียน เลขาธิการอาเซียน และสำนักเลขาธิการอาเซียนแห่งชาติของแต่ละประเทศสมาชิก และการส่งเสริมความร่วมมือกับประเทศคู่เจรจา
7. สำนักเลขาธิการอาเซียน (ASEAN National Secretariat) จัดตั้งโดยประเทศสมาชิกแต่ละประเทศ เพื่อเป็นจุดประสานงานในการประสานงานและสนับสนุนภารกิจต่างๆที่เกี่ยวข้องกับอาเซียนภายในประเทศ รวมทั้งการเตรียมการประชุมต่างๆของอาเซียนตลอดจนเป็นศูนย์กลางเก็บรักษาข้อมูลเกี่ยวกับอาเซียนด้วย
8. องค์กรสิทธิมนุษยชนของอาเซียน (ASEAN Human Rights Body–AHRB) มีหน้าที่ส่งเสริม และคุ้มครองสิทธิมนุษยชนในภูมิภาค โดยจะมีการตั้งคณะผู้เชี่ยวชาญขึ้นมายกร่างเอกสารกำหนดขอบเขตอำนาจหน้าที่ (Term Reference) ขององค์กรดังกล่าวต่อไป ทั้งนี้ ที่ประชุมคณะรัฐมนตรีต่างประเทศได้ให้แนวทาง ว่าอำนาจหน้าที่ขององค์กรสิทธิมนุษยชนไม่ควรจำกัดแค่การให้คำปรึกษา แต่ควรรวมถึงการติดตามและประเมินสถานการณ์สิทธิมนุษยชนในภูมิภาคการส่งเสริมการศึกษาและการตื่นตัวของหน่วยงานภาครัฐและประชาชนด้วย
9. มูลนิธิอาเซียน (ASEAN Foundation) มีหน้าที่สนับสนุนเลขาธิการอาเซียนและประสานงานกับองค์กรอื่น ๆ ของอาเซียนในการเผยแพร่ความรู้เกี่ยวกับอาเซียน ส่งเสริมการมรปฏิสัมพันธ์ระหว่างประชาชน และความร่วมมือกับผู้มีส่วนได้เสียต่าง ๆ ของอาเซียน

ที่มา : แก้ไขเพิ่มเติมจาก

• -หนังสือประเทศไทยกับอาเซียน, กรมประชาสัมพันธ์ สำนักนายกรัฐมนตรี